[WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

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[WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Mer 22 Aoû 2007 - 1:15

Discovering Dengue Drugs – Together (Ensemble, découvrons un médicament contre la dengue)

Les scientifiques de la faculté de médecine de l'université du Texas et de l'université de Chicago se sont joints aux chercheurs du World Community Grid pour combattre certaines des maladies virales les plus répandues dans les pays développés et en voie de développement. Le but immédiat du projet est de découvrir des traitements pour soigner la fièvre hémorragique de la dengue, l'hépatite C, l'encéphalite du Nil occidental, et la fièvre jaune ; ces maladies résultent de l'infection par des virus de la famille des Flaviviridae.

La première phase du projet (premier tri des molécules à l'aide d'Autodock) a débuté hier (20 août 2007) et devrait se terminer au début de l'année 2008. La seconde phase (analyse plus poussée des molécules candidates à l'aide de CHARMM) débutera cet Automne et pourrait se terminer à la fin de l'année 2008. Avec des moyens traditionnels, les calculs exigeraient des milliers d'années de calcul (50.000 années de calcul sur un ordinateur moyen). La puissance agrégée des ordinateurs du World Community Grid permettra d'effectuer la totalité des calculs en 9 à 12 mois. Ce qui accélèrera la découverte des composés capables d'inhiber les virus du Nil occidental, de la dengue, de l'hépatite C, et de la fièvre jaune. C'est une étape importante vers le développement de nouveaux médicaments pour améliorer la santé mondiale. Ensuite les composés sélectionnés pour leur haut potentiel d'inhibition des protéases des flavivirus seront examinés lors d'analyses en laboratoire pour mesurer leur activité antivirale.

Cliquez ici (en anglais pour l'instant) pour accéder à la description complète du projet.
:idea: Pensez également à vérifier dans votre compte WCG que ce nouveau projet est sélectionné.---> Cliquer ici pour afficher vos projets sur WCG
:idea: Enfin il est important de noter que ce projet est le premier compatible uniquement avec l'agent BOINC smack donc profitez-en pour jeter votre agent WCG tout moisi pour offrir un BOINC tout neuf à votre PC. ;)

Source : L'Alliance Francophone


Dernière édition par le Jeu 27 Sep 2007 - 14:06, édité 1 fois

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Lun 4 Fév 2008 - 10:51

Les premiers résultats du projet DDDT pour la recherche d'un médicament contre la dengue

L'Alliance Francophone a écrit:Le projet Ensemble découvrons un médicament contre la dengue (World Community Grid) a débuté depuis maintenant plus de 5 mois (le 21 Août 2007). C'est le moment opportun de faire un premier point sur l'avancé de la recherche avec Stan Watowich, le responsable scientifique du projet :

"Une optimisation initiale des paramètres du docking a été effectuée au début de l'Automne 2007. Cette optimisation a permis de diviser par 20 la durée de calcul sans qu'il n'y ait d'incidence sur la précision des prédictions.
La protéase NS3 du virus de la dengue (référence 2 FOM dans la banque de données sur les protéines du Research Collaboratory for Structural Bioinformatics, Protein Data Bank) a été utilisée comme une cible pour le criblage de composés "lead-like" et "drug-like" parmi une chimiothèque de 2,2 millions de macromolécules biologiques. Ces calculs (regroupés sous le nom de 0201) ont duré environ 2 mois. Ils ont utilisé moins de 10% des ressources de la World Community Grid afin de minimiser les goulots d'étranglement résultant du transfert des fichiers (chaque unité ne contenait qu'un seul ligand).
Les inhibiteurs obtenus suite au criblage virtuel de ces ligands issus de la chimiothèque par rapport à la protéase NS3 du virus de la dengue ont été étudiés dans notre laboratoire avec l'utilisation d'un test d'inhibition de la protéase. Les composés avec une constante d'inhibition encourageante seront davantage analysés par culture cellulaire et sur des modèles animaux.

La protéase NS3 du virus du Nil occidental (référence 2FP7 de la Protein Data Bank) a été utilisée comme une cible pour sélectionner les composés lead-like et drug-like parmi une chimiothèque de 2,2 millions de macromolécules biologiques. Ces calculs (regroupés sous le nom de 0301) ont duré environ 2 mois et se sont terminés durant les premiers jours du mois de janvier 2008. Ils ont utilisé moins de 10% des ressources de la World Community Grid afin de minimiser les goulots d'étranglement résultant du transfert des fichiers (chaque unité ne contenait qu'un seul ligand).
Les inhibiteurs obtenus suite au criblage virtuel de ces ligands issus de la chimiothèque par rapport à la protéase NS3 du virus du Nil occidental ont également été étudiés dans notre laboratoire avec l'utilisation d'un test d'inhibition de la protéase. Les composés avec une constante d'inhibition encourageante seront davantage analysés par culture cellulaire et sur des modèles animaux.

En parallèle, des optimisations du processus de calcul des liaisons moléculaires sont actuellement en bêta test. Ces optimisations permettront d'atteindre le but que nous nous étions fixé, c'est à dire de réaliser le criblage virtuel des composés de la chimiothèque par rapport à une protéine en moins de 2 semaines. Ceci implique de faire tenir plusieurs ligands (~10) dans une même unité de travail, et ainsi de limiter les goulots d'étranglement résultant du transfert des fichiers. Par ailleurs, des sommes de contrôle (checksum error) seront intégrées à l'intérieur de chaque unité de calcul, ce qui permettra de se passer du calcul redondant nécessaire à la validation des unités de calcul.
L'endoprotéase trypsine (référence 1EB2 de la Protein Data Bank) est actuellement en cours de criblage par rapport aux ligands issus de la chimiothèque, elle fournira un contrôle négatif des inhibiteurs découverts (regroupés sous le nom de 0401).

Le criblage virtuel du virus de l'hépatite C va bientôt débuter.

Le projet Discovering Dengue Drugs – Together a bénéficié de 3722 années de temps de calcul processeur de la World Community Grid. Nous sommes reconnaissant envers les particuliers qui mettent généreusement leur ordinateur au service de la lutte contre les virus de la dengue, du Nil occidental et de l'hépathite C."

Source : L'Alliance Francophone

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Jeu 21 Fév 2008 - 3:21

Les WU du projet DDDT ont été moins présentes ces derniers jours (d'où le téléchargement de WU FA@H, HCC et HPF) mais normalement tout devrait rentrer dans l'ordre demain ou en fin de semaine.

Il semblerait également que le phase II du projet arrive en // de la phase I avec un nouveau moteur CHARMM au lieu de l'Autodock pour permettre aux responsables du projet de le boucler en 1 an (en sachant que ce projet est dispo depuis 6 mois).

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Lun 3 Mar 2008 - 19:31

Mise à jour de l'application DDDT qui passe de la version 5.10 à 5.15 suite aux bons retours de la version Beta. Cette version doit permettre aux responsables du projet de créer des WU plus grosses comprenant plusieurs WU petites.
Cette mise à jour signe sans doute la fin des WU DDDT très courtes que nous connaissions depuis le début du RAID puisque d'après des posts dans le topic DDDT du forum WCG les nouvelles WU 5.15 seraient 4x plus longues que les anciennes WU 5.10.... :cry2:

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par Invité le Mar 4 Mar 2008 - 12:12

Lol merde, j'avais pas vu ce post xD

Effectivement, malgré les plaintes, les nouvelles wu seront 4 fois plus longues; WCG a fusionné plusieurs travaux ensembles. Au lieu de calculer pour une seule image du projet, ce sont 4 images qui sont calculées en une unité.

Cela est du apparemment à des surchauffes survenues à cause des nombreuses connexions pour recevoiir des DDDT.

Bref, retour du travail long. Certains se plaignent sur le forum et invoquent le fait qu'ils ne calculaient DDDT que car elles étaient courtes et les avantageaient. Wait and see.

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par Loe le Mar 4 Mar 2008 - 13:02

IL faut dire aussi que cela a avantagé la FFR pendant un sacré bout de temps pour faire un bon dans les stats générales.

Mais bon, l'important est de calculer et pas de tergiverser pour le nombre d'heures de calcul d'une unité.

Là par exemple, je me suis pris un rail de projet HPF de 27heures chacune..... Et j'ai un Climate Prediction de 996heures à terminer.

il faut savoir que tout calcul est récompensé en points à sa juste valeur, ou du moins, cela s'approche et que cela n'est jamais du temps de perdu. Enfin, moi, je le conçois comme cela.

Et sinon, la Bunny Race est un bon test de la puissance de frappe de la petite FFR: encore 7ème team en terme de puissance brute à un instant T dans ce même concours.

Moi je dis: yeah

ola

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par Invité le Mar 4 Mar 2008 - 15:12

Disons que la longueur d'une unité permet à beaucoup de se sentir rassuré de voir leurs résultats plus rapidement qu'avec une CPDN.
Aussi, certains ont une config un peu ancienne, et une DDDT une heure les aidait, si jamais une HPF pouvait être risquée niveau renvoi (certes la deadline est d'une semaine, mais vu les 27 heures, une config plus petite peut le faire en moins encore. Si jamais l'ordi n'est pas souvent allumé, pas de renvoi dans les temps :/)

Je comprend totalement comment tu le conçois, mais je pense que beaucoup appréciaient les wu courtes :p On a l'impression d'être une force de la rapidité avec un P II xD

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Mar 4 Mar 2008 - 21:04

On va faire avec et même si les WU DDDT vont être plus longues tant qu'elles restent inférieures aux HPF et HCC ça me va très bien car comme le dit Phoen' les WU de ce type là ont du mal à se faire sur mon fixe, par exemple, car il n'est pas souvent allumé pendant la semaine...

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par Loe le Mer 5 Mar 2008 - 16:02

Je viens de recevoir les premières WU DDDT à 7heures de calcul.


Et je comprends parfaitement le point de vue de Phoenyx car tout le monde n'a pas le pouvoir, les moyens de faire tourner sa bécane h24 et n'a pas le dernier Penryn à la mode.

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par Pinpinguin le Mer 5 Mar 2008 - 20:10

j'ai encore une réserve de WU à moins d'une heure,

et je commence déjà à recevoir des WU pour 3H de calculs.

ça va être plus long forcément.

Sinon, oui faire tourner son PC H24 n'est pas permis à tous le monde.







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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Mer 5 Mar 2008 - 21:55

J'ai reçu ce matin pendant que j'étais en projet ma 1ère WU DDDT version longue : 7h de calcul annoncé au lieu de 1h40 pour les anciennes transpiration ça m'embête car je me rends compte que je suis en train de tomber de manière catastrophique dans les stats de la FfR et que je ne vais pouvoir renvoyer qu'une voire 1,5 WU DDDT par jour.....j'espère que j'aurai un PC perso en stage sur lequel je pourrai mettre BOINC transpiration Tiens seb un C2Q6600 pour ton stage de 6 mois supertop

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par desty_nova le Jeu 6 Mar 2008 - 18:19

Je comprend mieux pourquoi je renvois moins de résultats. Par contre j'ai installer boinc sur mon ancien pc et l'opteron est venu se rajouter au mac ^^. je devrai renvoyer une vingtaine de résultats/ jour si tout va bien avec les deux machines. Dommage que la PS3 ne puisse pas participer elle aussi vu le nombre de calcul qu'elle fait avec F@H.

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Jeu 6 Mar 2008 - 21:39

Ca fait plaisir de lire ça merci Steve Jobs mrgreen et merci AMD Rolling Eyes
Pour la PS3 c'est sur que c'est dommage que le WCG ne s'y intéresse pas d'autant plus qu'IBM a quand même très légèrement mis son nez dans le Cell transpiration Franchement un Cell sur DDDT ou HPF ça doit déménager sérieux...

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Re: [WCG] Topic Discovering Dengue Drugs – Together

Message par feb le Ven 23 Avr 2010 - 11:26

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